V souladu s NOZ je statutárním orgánem nadace správní rada.
Správní rada spravuje majetek nadace, řídí její činnost, rozhoduje o všech záležitostech nadace a má šest členů, jmenovaných na tříleté období.
Člen správní rady nadace nesmí být po dobu svého působení ve správní radě členem statutárního či kontrolního orgánu právnické osoby, jež se stala příjemcem příspěvku NČHF. Za nadaci jednají jednotliví členové správní rady, a to nejméně dva společně.
Správní rada NČHF v současnosti pracuje ve složení:
Pavel Fiedler, předseda, členové: MgA. Markéta Dvořáková, Ph.D., PhDr. Miroslav Pudlák, CSc., PhDr. Vít Roubíček, Karel Šůcha.
Kontrolním orgánem nadace je dozorčí rada, jmenovaná v souladu se zákonem správní radou na tříleté funkční období.
Dozorčí rada NČHF působí ve složení:
PhDr. Jana Vojtěšková, CSc., předsedkyně, členové: JUDr. Miloš Toms, Ing. Bohumil Trčka.
Výkonným orgánem nadace je ředitel, jenž v souladu se statutem a na základě generální plné moci udělené mu správní radou řídí provoz nadace. Ředitelem Nadace Český hudební fond je Ing. Radomír Kubík.
Poradní orgány NČHF
O udělení nadačního příspěvku rozhoduje výlučně správní rada. Posouzením odborných otázek souvisejících s rozhodováním o jeho poskytnutí však může správní rada pověřit odborné poradní grémium, jehož hlas má váhu hlasu poradního.
V Nadaci Český hudební fond tak působí pět poradních výborů, jejichž doporučení k poskytnutí nadačního příspěvku podléhají schválení správní radou.
Výbor pro skladatele vážné hudby:
předseda: MgA. Markéta Dvořáková, Ph.D., členové: MgA. Jiří Gemrot, Ing. arch. Miloš Haase, Ing. MgA. Edgar Mojdl, Ph.D., PhDr. Vojtěch Mojžíš
Výbor pro výkonné umělce:
předseda: Pavel Fiedler, členové: Josef Fiala, Mgr. Petr Louženský, Ph.D., Mgr. Petr Kolař, MgA. Martin Petrák, doc. MgA. Vít Spilka.
Výbor muzikologie a hudební publicistiky:
předseda: PhDr. Vít Roubíček, členové: Mgr. Jan Karafiát, PhDr. Lucie Maňourová, MgA. Iva Oplištilová, Ph.D., PhDr. Věra Šustíková, Ph.D., Mgr. Václav Vraný.
Výbor pro populární hudbu, jazz a ostatní žánry:
předseda: Karel Šůcha, členové Petr Hanzlík, Zdeněk Gregor, Jaromír Honzák, Petr Váša.
Rada Kruhů přátel hudby:
předseda: prof. Ivan Klánský, členové: Mgr. Halina Františáková, prof. MgA. Jan Jiraský, Ph.D., Arnošt Střížek, prof. Alena Veselá, Hana Benešová (KPH Louny), Mgr. Kamil Jindřich (KPH Domažlice).